L'actuelle chapelle Saint-Aubin est le principal vestige en élévation de l'ancienne cathédrale Saint-Nazaire. Église-mère du diocèse, cette dernière conservera son titre jusqu'en 1720, avant qu'elle ne soit démolie en 1783. Plusieurs reconstructions et modifications ont jalonné sa longue histoire jusqu'à la seconde moitié du XIIIe siècle où son choeur est totalement rebâti. De ce dernier seule a survécu la première travée occidentale du collatéral sud qui sert de nef à l'actuelle chapelle dont seul le choeur correspond à l'ancienne chapelle latérale Saint-Aubin, surmontée au XVe siècle d'une salle haute. Cette travée a été divisée verticalement à la fin du XVIIIe siècle ; c'est de cette époque que date la cheminée qui s'y trouve. L'actuel niveau de son sol correspond à celui du choeur disparu sous lequel s'étendait l'église souterraine Saint-Jean-de-la-Grotte, ancien baptistère.